Dalam khazanah pengembangan manajemen organisasi pendidikan pesantren di era milineum ini, Pondok Modern Darussalam Gontor dengan totalitas pendidikannya telah mengukir sejarah dengan banyaknya alumni yang berkiprah di dunia nasional bahkan internasional.
Kemajuan pendidikan di Pondok Modern Darussalam Gontor tidak akan lepas dari peran dan fungsi pimpinannya dalam memanaje organisasi pendidikan yang dikelonya, diantaranya adalah Dr KH. Abdullah Syukri Zarkasyi M.A, beliau menaruh perhatian besar terhadap pelaksanaan manajemen organisasi pendidikan pesantren, dalam pandangan beliau, pimpinan pondok bukanlah birokrat, bukan penjabat administrasi melainkan harus menjadi sosok pendidik dan uswah.