KMI adalah penanggung jawab dan bertugas penyelenggaraan Pendidikan dan Pengajaran secara menyeluruh. KMI membagi pendidikan formalnya dalam perjenjangan yang sudah diterapkan sejak tahun 1936. KMI memiliki program reguler dan program intensif.
Program reguler untuk lulusan Sekolah Dasar (SD)/Madrasah Ibtidaiyah (MI) dengan masa belajar hingga enam tahun. Kelas I-III setingkat dengan pendidikan Sekolah Menengah Pertama (SMP)/Madrasah Tsanawiyah (MTs) jika mengacu pada kurikulum Nasional dan kelas IV-VI setara dengan Sekolah Menengah Atas/Madrasah Aliyah (MA). Program intensif KMI untuk lulusan SMP/MTs yang ditempuh dalam 4 tahun.
