Secara keseluruhan, pandemic covid-19 telah mengubah institusi pendidikan yang sebelumnya pemberian materi untuk diajarkan kepada siswa dengan cara tatap muka kini menjadi media online untuk media pembelajarannya. Sesuai ketegasan yang pemerintah buat, semua lembaga pendidikan harus memulai persiapan pendidikan dengan menggunakan protokol kesehatan yang dilakukan dengan cara beradaptasi dalam kebiasaan baru.
Demikian dengan pondok pesantren yang ada di Indonesia ini telah melaksanakan kegiatan di pondok pesantren seperti biasanya. Kementerian Agama telah mengeluarkan pedoman tentang proses belajar dalam pesantren. Menteri Agama Fachrul Razi telah menyampaikan bahwa pedoman tersebut merupakan bagian penting dari tata tertib Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Menteri Agama, Menteri Kesehatan dan Menteri dalan Negeri tentang pedoman pelaksanaan pendidikan tahun ajaran baru selama covid-19.
Aturan dasar untuk pembelajaran selama pandemi ini ada empat yaitu:
• Membuat satuan tugas untuk mempercepat pemrosesan covid-19 ini.
• Mempunyai fasilitas yang sesuai dengan prokol kesehatan.
• Keamanan covid-19 ini telah dibuktikan oleh tim kerja yang mampu memperlancar proses covid-19 atau pemerintah daerah.
• Pemimpin, Pengelolahan, guru, dan santri dalam keadaan sehat yang telah dibuktikan dengan adanya surat keterangan sehat yang diberikan dari fasilitas Kesehatan, peraturan ini harus dijadikan sebagai pedoman bersama bagi seluruh pesantren dan Lembaga Pendidikan agama yang megajar pada saat pandemi ini
