Di Pondok Pesantren juga telah menerapkan 3M yaitu:
• Menggunakan masker.
• Menjaga jarak.
• Mencuci tangan.
Ada salah satu pondok yang pemimpin pondok menyuruh para santri untuk kembali, tetapi para santri sebelum kembali ke pondok harus karantina mandiri dirumah dan ketika kembali membawa surat keterangan sehat yang telah dibubuhi tanda tangan orang tua dan dinyatakan bahwa santri tersebut telah melakukan karangtina mandiri. Pondok pesantren melakukan penyemprotan disinfektan disetiap sudut ruangan supaya seluruh ruangan menjadi steril dan aman.
Dan selama pandemi covid-19 ini pimpinan pondok telah menyatakan bahwa tidak ada perkunjungan di setiap bulannya, tidak ada perizinan untuk pulang kecuali ada udhur syar’i, hanya ada pengiriman uang dan barang. Sebelum barang diterima oleh resepsionis barang tersebut harus disemprot disinfektan terlebih dahulu.
Didalam pondok juga disediakan tempat untuk cuci tangan, hand sanitizer disetiap tempatnya, didalam pondok pun para santri menggunakan masker ketika berangkat sekolah pun menggenakannya dan sebelum masuk gerbang sekolah para santri harus mencuci tangan terlebuh dahulu dan menggunakan hand sanitizer terlebih dahulu. Ketika santri masuk kelas pun harus menggunakan hand sanitizer terlebih dahulu dan menjaga jarak ketika proses belajar mengajar berlangsung, dan saat para santri masuk musholla harus menggunakan hand sanitizer dulu dan menjaga jarak Ketika sholat.
Pesantren mengadakan penyemprotan distinfektan secara massal disetiap minggunya yaitu tepatnya dihari Jum’at. Kenapa di hari Jum’at? karena kegiatan santri libur total, ketika hari Jum’at pagi para santri tidak lupa untuk berolahraga dan berjemur agar badan tetap sehat dan fit, tapi masih mematuhi protokol kesehatan.